GAMBARAN PROGRAM SEKOLAH TAHUN PELAJARAN 2012/2013
SD Muhammadiyah Sapen Yogyakarta, selalu berusaha mengembangkan inovasi dalam program sekolah. Berikut ini beberapa program yang diselenggarakan oleh SD Muhammadiyah Sapen:
program ini adalah program yang diselenggarakan untuk melayani siswa yang memiliki kemampuan kecerdasan yang tinggi. Program ini seleksinya dilakukan di kelas II. Siswa yang mengikuti program ini akan menempuh Jenjang sekolah dasar selama 5 tahun. - Program Cerdas Istimewa Matematika IPA(CIMIPA)
program ini diberikan kepada siswa yang memiliki minat dan kemampuan tinggi di bidang matematika dan IPA. siswa yang mengikuti program ini tetap menempuh sekolah dasar selama 6 tahun. - Kelas Bertaraf Internasional (RSBI)
Program ini adalah sebuah kepercayaan yang diberikan oleh Dirjen pendidikan dasar dan menengah karena prestasi yang diraih oleh SD Muhammadiyah Sapen selama ini. Kurikulum yang digunakan adalah kurikulum standar internasional. Siswa yang mengikuti jalur regular akan menempuh jejnjang Sekolah Dasar selama 6 tahun dengan kurikulum KTSP.